正確には日本語版ではなく日本語化したものですが。
簡単に手順を書いておこうと思いマス。
・用意するもの
FTPクライアント
→Fetchとか。いつも使ってるのを。
Movable Type本体
→オフィシャルサイトからダウンロードです。
Movable Type日本語ランゲージパック
→ウェブログ入門 サポートページより
１：Movable Typeを解凍し、その中からmt-check.cgiのみをサーバの設置予定場所にアップ。パーミッションを755に設定して実行する。
俺の場合はhttp://www.jeha.org/mtに設置したのでhttp://www.jeha.org/mt/mt-check.cgiを実行しました。
２：出てきた英文の中から以下の点を確認する。
・「CHECKING FOR REQUIRED MODULES」の下あたりに「Jcode」に関する記述があるか。ここで「Your server has Jcode installed」とかインストールしてあるっぽいことが書いてあれば、用意したJcode.pmは使いません。Jcodeに関する記述がなかったり、インストールされていないようならJcode.pmを使います。
・「CHECKING FOR DATA STORAGE MODULES」の下あたりで、どのタイプのDBがインストールされているかチェック。
DB_File、DBD::mysql、DBD::Pg、DBD::SQLiteの４項目があると思います。どれかひとつ以上インストールされていないとMovable Typeは使えないらしいです。
ちなみに俺のサーバ（さくらネット）はDB_Fileのみインストールされていました。ロリポップあたりに引っ越しちまおうかなぁ。
３：Movable Typeのmt.cfgを開き、修正する。
修正箇所についてはみらのさんのサイトのこの部分を参考にしてください。
上から下まで対応します。
４：Movable Typeをアップロードする。
docsディレクトリ、index.html、LICENSE、LICENSE-COMMERCIALあたりはアップロードする必要はないけどしても害はありません。
cgi系のパーミッションを755に、それ以外は644（大抵なにもしなくてもそうなってますが）に設定します。
５：mt-load.cgiを実行する。
俺のところの場合はhttp://www.jeha.org/mt/mt-load.cgiです。
真ん中あたりに「Done loading initial data! All want well.」と表示されていればOK、そうでなければどこかに問題があるので最初からやりなおし。
６：日本語ランゲージパックを反映させる
・日本語ランゲージパックを解凍し、mt-ja-patch、mt-ja-patch.cgi、patchの３ファイルをMovable Typeと同じディレクトリにアップする。
・mt-ja-patch.cgiを実行する。
・日本語ランゲージパックのlang-jaディレクトリをMovable Typeのimagesディレクトリ内にアップする
・日本語ランゲージパックのja.pm.euc-jp（mt.cfgの修正時にUTF-8を選択した場合はja.pm.utf-8）をja.pmにリネームして、以下の場所にアップする
→（Movable Typeをアップしたディレクトリ）/extlib/MT/L10N/
俺の場合はhttp://www.jeha.org/mt/extlib/MT/L10N/
７：２でJcodeがインストールされていなかった場合
Jcode.pmをインストールします。
やはりみらのさんのサイトのJcode.pmのインストール手順が参考になります。
８：使用済みファイルを削除する。
もう使わないので以下のファイルを消しておきましょう。
mt-check.cgi、mt-load.cgi、mt-ja-patch、mt-ja-patch.cgi、patch
９：mt.cgiにアクセスし、ログインする。
ログイン画面が上手く表示されなかったらどこかに問題があります。
ログイン画面が表示されたら、
Username：Melody
Password：Nelson
と入力してログインします。
※俺はNelsonをNeisonだと思い込んでログインできず、かなり時間をロスしました…
10：ログインできたら「EDIT YOUR PROFILE」をクリック
11：Username、Passwordに自分用の物を記入し、Preferred LanguageでJapaneseを選択する。
Japaneseが出てこない場合はやはりどこかに問題があります。６〜７あたりを見直して見ましょう。
OKならSAVEボタンをクリック。
管理画面が日本語化されたらインストール及び日本語化の終了です。
※上記手順はMovable Type 日本語化手順とMovable Type日本語ランゲージパックのRedmeを単に統合させたものです。
特に日本語化手順はWin用の手順になっていますが、画像つきでわかりやすいのでオススメです。